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『문제는 검찰이다』는 검찰개혁의 안내서이자 검찰의 비판서이기도 하다. 이 책은 문재인 정부가 펼쳐나갈 검찰개혁에 도움이 될 만한 내용을 담고 있는데, 크게 네 가지 분야로 나누어 살펴보고 있다. 첫째 검찰개혁의 필요성과 배경, 둘째 검찰개혁의 철학과 원칙, 셋째 검찰개혁의 구체적 과제, 넷째 검찰개혁의 성공 요소가 그것이다. 이를 통해 한 번도 제대로 시도해보지 못한 검찰개혁의 방향을 제시하고 있다. 그리고 검찰개혁 과정에서 누구나 한 번쯤 생각해보는 의문점을 해소하는 데 주력했다. 또한 검찰개혁과 함께 경찰, 국가정보원 등 권력기관의 개혁을 어떻게 할 것인가에 대한 논의도 담겨 있다.

1부- 검찰, 적폐 청산 1호
1. 촛불혁명과 검찰개혁 . 15
시대의 요구, 적폐 청산 | 적폐 청산의 시작, 검찰개혁

2. 타락의 끝은 어디인가 : 박근혜 정부의 검찰 . 24
정치검찰, 한국 부패의 상징 | 정윤회 사건의 진실을 외면하다 | 정치검사가 기획하고 검찰이 마무리 |
검찰, 정치권력 그 자체가 되다 | 부패검사에서 시작된 국정농단 사태 | 현직 검사장 진경준의 타락 |
적폐 청산 1호가 된 검찰

3. 정치권력의 시녀 : 이명박 정부의 검찰 . 36
정치검찰의 복귀작: 노무현 대통령 수사 | 위법수사 및 권한 남용의 백화점: 한명숙 전 총리 사건 |
법원을 배임의 교사범으로 만들다: 정연주 KBS 사장 사건 | 언론에 재갈을 물리다: 〈PD 수첩〉 사건 |
인터넷 표현의 자유를 봉쇄하다: 미네르바 사건 | 권력을 위해 존재하는 정치검찰

4. 시민 위에 군림하는 검찰 : 6월항쟁 이후의 검찰 . 52
민주사회에 적응하지 못하는 검찰 | 검찰의 명백한 오류, 강기훈 유서 대필 사건 | 변해야 할 시점에 변하지 못한 검찰

2부- 검찰개혁의 철학과 원칙

1. 개혁의 역사는 권한투쟁의 역사 . 65
한국 검찰의 권력이 막강한 이유 | 검찰의 권한을 축소하고 견제해야 한다

2. 권력기관 개혁의 철학 . 69
철학과 원칙이 없으면 개혁도 없다 | 철학과 원칙은 구체적인 계획의 기초 | 개혁에는 시간이 필요하다

3. 누가 주체가 되어야 하는가 . 74
시민이 주체가 되는 개혁 | 국민주권주의에 기초한 개혁

4. 권력기관 개혁의 원칙 . 80
원칙 1. 권한을 분산시키자 / 원칙 2. 권한을 견제하자 / 원칙 3. 공개와 참여를 확대하자

5. 권력기관 개혁의 방향 . 85
방향 1. 인권 친화적 개혁이어야 한다 / 방향 2. 전문성을 높여야 한다 한국 사회의 조건과 속성 |
위험사회에 사는 사람들 | 사회안전망이 붕괴된 한국 사회 / 방향 3. 권력기관끼리 서로 협력해야 한다

6. 문제 해결 순서 . 98
1단계. 문제가 있는지 없는지 확인해야 한다 / 2단계. 문제의 실체를 확인해야 한다 /
3단계. 문제의 근본 원인을 파악해야 한다 / 4단계. 문제 해결 방법을 마련해야 한다 /
5단계. 해결을 위한 로드맵을 마련해야 한다 / 6단계. 실행과정에서 피드백이 이뤄져야 한다

3부- 검찰개혁 매뉴얼

1. 수사권과 기소권을 분리해야 한다 1 : 검찰개혁의 핵심 . 107
수사권과 기소권을 분리해야 하는 이유 | 검찰의 정치권력화를 막을 수 있다 |
검경의 수평적 협조관계를 만들 수 있다 | 공권력 행사를 통제할 수 있다 | 검찰만의 특별이론은 없다

2. 수사권과 기소권을 분리해야 한다 2 : 경찰개혁도 함께해야 한다 . 120
경찰개혁의 핵심, 자치경찰제 | 자치경찰제 추진 역사 | 경찰위원회 권한 강화해야 |
경찰의 정치적 중립을 위한 제도 마련 | 경찰대를 폐지해야 한다 | 헌법의 영장신청권 개정 |
국민의 신뢰를 얻는 인권 친화적 개혁

3. 수사권과 기소권을 분리해야 한다 3 : 한국형 비리 수사 . 140
검찰만이 ‘거악’을 수사할 수 있다? | 기득권세력을 통제해야 한다 | 공정거래위원회를 강화해야 한다

4. 고위공직자비리조사처 신설 1 : 부패 추방과 검찰 견제의 이중 역할 . 145
정경유착, 권력형 비리에 대처할 수 있다 | 부패검찰을 처벌할 수 있다 | 고비처의 20년 역사

5. 고위공직자비리조사처 신설 2 : 고비처를 반대하는 논리들 . 151
고비처는 제2의 검찰청? | 고비처가 검찰보다 수사를 못한다? | 검찰과 관할이 비슷해 수사를 제대로 하지 않는다? |
고비처도 대통령의 눈치를 본다? | 고비처의 비리는 누가 수사하나?

6. 법무부의 탈검찰화 . 159
법무부는 국가 법무행정의 중심 | 검찰이 법무부를 장악해왔다 | 법무부는 검찰을 견제하지 못했다 |
법무부가 장기 계획을 수립하지 못하는 이유 | 열린 법무부를 만들어야 한다 |
법무부 탈검찰화, 장기 계획이 필요하다 | 법무부 혁신도 장관의 임무다

7. 검찰의 과거사 정리 . 171
내일을 보장해주는 것은 기억에 근거한 정의 | 검찰만 과거사 정리를 거부했다 | 과거사 정리는 국가의 의무다 |
재심을 통한 과거사 정리가 필요하다 | 긴급조치 판결 정리 방법 | 검찰은 진상규명에 적극 협력해야 한다 |
검찰의 과거사정리위원회

8. 검찰의 정치적 중립 확보 . 183
정치적 중립의 중요성 | 전직 검사의 타락과 전관예우 | 심각한 현직 검사의 타락 | 검사 너머의 출세, 정치 |
정치적 중립이 민주주의 자체는 아니다 | 검찰은 착한데 정치권력은 나쁘다? |
공정한 인사권은 검찰개혁의 일부일 뿐 | 검사의 청와대 파견 문제 | 정치적 중립은 공격용 무기가 아니다 |
대검 반부패부와 공안부를 폐지해야 한다

9. 재정신청제도를 확대하자 . 199
검사의 불기소 권한은 통제돼야 | 재정신청제도의 축소와 확대의 역사 | 부천서 성고문 사건, 국민은 분노했다 |
재정신청제도 개혁 방안

10. 검사장을 국민의 손으로 뽑아보자 . 207
국민 참여의 꽃, 직접선거 | 직선제 도입을 위한 전제조건들 | 가능성도 크지만 한계도 명확

11. 형사공공변호인제도를 확대하자 . 212
위법수사를 통제할 수 있다 | 피의자· 피고인의 인권을 보장해준다

4부- 검찰개혁의 성공 요소

1. 국민의 높은 관심과 지지 . 219
국민이 검찰개혁을 지지하고 있다 | 끊임없이 국민과 소통해야 한다 | ‘검찰개혁’ 웹진을 만들자

2. 구체적이고 정밀한 개혁 방안 . 225
준비된 대통령, 준비된 검찰개혁 | 근본 문제를 해결할 구체적이고 정밀한 계획 | 중도반단은 있을 수 없다

3. 정치권의 검찰개혁에 관한 공감대 . 230
공통의 목표는 협치의 가능성을 높인다 | 행정부와 입법부가 함께하는 개혁

나가는 말 . 234