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여진족과의 치열한 전투가 끝난 직후, 보급을 챙기러 온 종성부사 원균이 등장하며 이순신과 미묘한 갈등이 시작된다. 원균은 어린 시절 마주쳤던 이순신을 기억하고, 자신의 명을 따르지 않는 이순신에게 앙심을 품고 돌아가는데….
한편, 일본을 통일한 도요토미 히데요시는 야심 찬 계획을 품고 대마도의 도주 소 요시토시를 조선에 사신으로 보낸다. 소 요시토시는 조선에 일본의 통일을 축하하는 의미로 사신을 보내어 통교하자고 제안한다. 조선 조정은 단칼에 거절하지만, 일본의 정세를 파악하기 위해 결국 통신사를 파견하기로 결정한다.
그런데 일본을 다녀온 통신사의 보고는 완전히 엇갈린다. 한 명은 전쟁이 날 것이다, 다른 한 명은 전쟁은 없다고 주장한 것. 조정은 조용히 전쟁 준비에 착수하지만, 조선의 예상보다 더 짙고 거대한 전쟁의 그림자가 다가오고 있는데…!
류성룡은 이순신을 찾아가 일본으로부터 조선의 바다를 지켜 달라고 부탁한다. 이순신은 파격적인 승진으로 전라좌수사 자리에 오르고, 무적의 부대를 만들기 위해 자신을 도와 나라를 지킬 동료를 찾아 나선다.

폭풍 전야의 조선, 이순신의 시대가 시작된다!